Trang chủTIẾP CẬN IN SILICO PHÁT HIỆN CHẤT ỨC CHẾ PROTEIN KINASE G CHO ĐIỀU TRỊ BỆNH LAO
Tác giả: Thái Khắc Minh1,2,3*, Trần Thị Phương Uyên1,2,3, Nguyễn Đắc Nhân1,2,3, Dương Nguyên Thuý Ngân1,2,3, Nguyễn Thuý Ngọc4, Nguyễn Hạ Anh6, Đổng Ngọc Thiên Trúc2, Nguyễn Minh Tiến5, Lê Minh Trí1,2,3
TÓM TẮT
Protein kinase G (PknG) là một yếu tố độc lực của Mycobacterium tuberculosis, hỗ trợ hoạt động chống thực bào trong quá trình nhiễm trùng. Mặc dù đã có nhiều nghiên cứu trước đây, chỉ một số ít chất ức chế được báo cáo và chưa có chất nào phát triển đến giai đoạn thử nghiệm lâm sàng. Nghiên cứu này được áp dụng một quy trình sàng lọc in silico toàn diện nhằm xác định các chất ức chế PknG mới với khung hóa học đa dạng. Các mô hình 3D-pharmacophore dựa trên cấu trúc và dựa trên phối tử đã được phát triển, nhưng chỉ mô hình dựa trên cấu trúc đáp ứng yêu cầu sàng lọc. Khoảng 22 triệu hợp chất từ cơ sở dữ liệu DrugBank và ZINC15 đã được sàng lọc, tiếp theo là các bước dự đoán dược động học – độc tính (ADMET), docking phân tử, mô phỏng động lực học phân tử (MD) và tính toán năng lượng tự do liên kết. Từ 2.865 hợp chất, có 2.557 hợp chất vượt qua đánh giá ADMET. Kết quả docking chọn ra 55 ligand để mô phỏng MD, có 9 chất được tiếp tục mô phỏng ở 100 ns. Ba hợp chất – ZINC39895235, ZINC78670958 và ZINC67776115 – là tiềm năng nhất, thể hiện khả năng gắn kết bền vững thông qua nhóm cho/nhận liên kết hydro và vòng kỵ nước. Nghiên cứu này đã xây dựng thành công một quy trình sàng lọc ảo hợp lý và xác định được các ứng viên tiềm năng cho việc kiểm chứng sinh học tiếp theo đối với PknG.
Từ khoá: Protein kinase G, in silico, sàng lọc ảo, động lực học phân tử.
4-file-bai-9
Đầu trang